Prima sede unificata e istituzionalizzata dell’UNIVERSITA’ (degli scolari). Edificato negli anni 1562-1563 (alla conclusione del Concilio di Trento).
Voluto da Papa Pio IV° Medici.  Fatto da Antonio Morandi detto il “Terribilia”, in soli 18 mesi, lungo metri 139, con 30 archi di portico. Questa costruzione determinò l’impossibilità di continuare il progetto di fabbrica della chiesa di S.Petronio.  Notare i simboli pontifici agli spigoli estremi.  L’edificio è stato costruito negli anni della nascita della Piazza del Nettuno.
Nelle pareti e nelle volte ci sono circa settemila stemmi degli studenti e dei maestri.
Le associazioni degli studenti erano divise in citramontani e ultramontani, ma anche in due branche di studio: i legisti (diritto civile; solo dal 1364 anche diritto canonico) e gli Artisti  (filosofia, medicina, matematica, scienze).
Precedentemente le scuole erano in casa dei maestri, o anche dentro le chiese di S.Francesco e di S.Domenico.  Gli studenti si associavano per nazionalità di provenienza e assumevano a contratto i loro insegnanti.  Provenivano da famiglie ricche e da ogni parte dell’Europa ed  erano accompagnati da numerosi servitori.  Avevano bisogno di tutto quello che serve per vivere a Bologna e studiare: l’alloggio, i libri, i vestiti, il mangiare.  La loro presenza ravvivò il commercio e la ricchezza della città.  Per ospitarli, i proprietari di abitazioni cominciarono ad allargare la casa nel piano superiore, facendo un allungamento sopra la strada e cominciando a creare l’immagine della città più porticata del mondo.
Le lauree venivano date dentro la cattedrale di S.Pietro, dove i laureandi nobili potevano entrare anche a cavallo.
Nel cortile dell’Archiginnasio veniva fatta la teriaca, che era una panacea che serviva per quasi tutte le malattie.  La teriaca aveva una preparazione che durava diversi giorni, ed è rimasta nei bolognesi la notazione di dire “lungo come la teriaca” per indicare una cosa che si aspetta e ritarda troppo.  I professoroni imparruccati rimestavano nel pentolone e aggiungevano gli ingredienti seguendo scrupolosamente la ricetta, che prevedeva anche una vipera (dal greco theriaka).  Notevole è il Teatro Anatomico, del XVII°, dove sono raffigurati i più celebri medici dell’antichità.  Sulla cattedra del magister ci sono due sculture di legno di tiglio: due figure maschili chiamati “spellati”, fatti da Ercole Lelli nel 1734.  Vi si studiava l’anatomia umana, usando i cadaveri dei condannati a morte, o quelli del vicino Ospedale della Morte.  Dato che il corpo umano era considerato opera della divinità, allora c’era sempre un ispettore della Santa Inquisizione che stava nascosto in alto, dietro a una grata, per controllare che non s’insegnassero cose diverse dai dogmi religiosi (era una presenza inquietante, perché c’era il rischio di andare a finire bruciati vivi in un rogo come eretico).
L’edificio ha subito un grave bombardamento aereo nel 1944, e però la ricostruzione è stata perfetta, usando gli stessi materiali originari.
Dal 1803 l’Università venne trasferita a Palazzo Poggi.
Nel 1888 si decise di celebrarne la nascita, come fosse l’8° centenario, ma sappiamo che  l’insegnamento del diritto c’era anche qualche decennio prima del 1088.

Si fecero le solenni celebrazioni alla presenza dei reali e con prolusione fatta dal prof. Giosue Carducci.