L’origine dell’Università di Bologna è stata attribuita all’anno 1088, data convenzionale fissata da un comitato di storici guidato da Giosuè Carducci. All’inizio nasce come scuola di diritto, e i giuristi insegnavano agli scolari nelle loro abitazioni private, in seguito nelle chiese di S.Domenico e di S.Francesco.  A Bologna, quando ancora faceva parte dell’impero bizantino, si erano conservate le leggi che aveva fatto raccogliere Giustiniano nel suo Corpus Juris.  La contessa Matilde aveva incaricato il giurista Irnerio di rinnovare lo studio del diritto, che costituisce ancora oggi il fondamento di tutti i sistemi giuridici civili.  Si era formata una scuola di notai che studiavano, spiegavano e adattavano le leggi antiche ai nuovi rapporti della società.

Le interpretazioni del testo erano annotate nel margine dei libri e chiamate “glosse”.  I regnanti di tutte le parti del mondo inviavano i loro studiosi a Bologna per imparare dai maestri bolognesi.  Arrivavano i rampolli di tutte le famiglie principesche per studiare il diritto civile, che poi dovevano applicare nel  loro stato.  Erano studenti ricchi, accompagnati dai loro servitori e avevano bisogno di alloggiamenti e di ogni necessità per vivere.
I primi studiosi di cui si ha documentazione sono Pepone e Irnerio, quest’ultimo definito dai posteri “lucerna iuris”.  Altri giuristi famosi sono Accursio, Rolandino dei Passeggeri, Azzone, Rolandino Romanzi, Graziano, Bulgaro, Ugo, Martino.  L’imperatore Federico I° promulga nel 1158 la Costitutio Habita con cui l’Università diventa, per legge, un luogo in cui la ricerca si sviluppa indipendentemente da ogni altro potere.
Dal XIV secolo alle scuole dei giuristi si affiancano quelle dei cosiddetti “artisti”, studiosi di medicina, filosofia, aritmetica, astronomia, logica, retorica e grammatica.  Dal 1364, viene istituito anche l’insegnamento della teologia.
A Bologna trascorrono periodi di studio Dante Alighieri, Francesco Petrarca, Guido Guinizelli, Cino da Pistoia, Cecco d’Ascoli, Salimbene da Parma e Coluccio Salutati.

Una figura rappresentativa di questo periodo è Ulisse Aldrovandi che estende il suo contributo alla farmacopea, allo studio degli animali, dei fossili e di varie meraviglie di natura che raccolse e classificò.
Nel XVI secolo Gaspare Tagliacozzi compie i primi studi di chirurgia plastica. Il periodo aureo della medicina bolognese coincide con l’insegnamento di Marcello Malpighi nel XVII secolo, che ricorre al microscopio per le ricerche anatomiche.
La fama dell’Università di Bologna si propaga, già dal Medioevo, in tutta Europa e diviene meta di ospiti illustri come Thomas Becket, Paracelso, Raimundo de Pegñafort, Albrecht Dürer, san Carlo Borromeo, Torquato Tasso e Carlo Goldoni.
Studiano a Bologna anche Pico della Mirandola e Leon Battista Alberti.  Nicolò Copernico vi studia e  inizia le proprie osservazioni astronomiche.
Con la Rivoluzione Industriale, nel XVIII secolo, l’Università promuove lo sviluppo scientifico e tecnologico. A questo periodo risalgono gli studi Luigi Galvani che, con Alessandro Volta, Benjamin Franklin e Henry Cavendish, è uno dei fondatori dell’elettrotecnica moderna.
Il periodo successivo alla nascita dello stato unitario italiano è per l’Università di Bologna un’epoca di grande rilancio in cui spiccano le figure di Giovanni Capellini, Giosue Carducci, Giovanni Pascoli, Augusto Righi, Federigo Enriques, Giacomo Ciamician, Augusto Murri.
Nel 1888 si celebra l’ottavo centenario dello Studium, evento grandioso che riunisce a Bologna tutte le università del mondo per onorare la Madre delle Università. La cerimonia diviene una festa internazionale degli studi poiché le università di tutto il mondo riconoscono a Bologna le loro radici e gli elementi di continuità e i comuni ideali di progresso nella civiltà.